Структурна ізомерія алкінів обумовлена ізомерією карбонового кістяка, так само як і в алканів та алкенів (наприклад, 3-метилбутин-1 і пентин-1), та ізомерією положення потрійного зв’язку (бутин-1 і бутин-2). Просторова ізомерія для алкінів не характерна.

В алкінах з нерозгалуженим карбоновим ланцюгом нумерацію починають із того кінця, ближче до якого перебуває потрійний зв’язок. У назві відповідного алкану закінчення -ан змінюється на -ін (-ин). У розгалужених алкінах вибирають головний ланцюг так, щоб він містив потрійний зв’язок, навіть якщо він при цьому й не буде найдовшим. Перед назвою головного ланцюга вказують номер атома Карбону, при якому перебуває замісник, і назву цього замісника. Номер після назви головного ланцюга вказує положення потрійного зв’язку, наприклад: